为了让通州的职能更加专注于漕运和粮食仓储，又将通州降格为“散州”，原其下统领的三河、武清、香河三县归属顺天府直辖。
明代将通惠河在原皇城东墙外的部分圈入了皇城城墙内。
并且将元大都的南城墙向南扩展，从而将通惠河沿着大都南城墙的一段河道整体圈入新的都城内而改为地下暗河。
这就使得原有的通惠河从今天东便门附近“断流”了，再加上多年未进行疏浚，形成了较为严重的淤塞现象。
因此很多运粮的商队开始选择陆路将粮食从通州运往京城，在京城东大门朝阳门内便形成了大量的粮仓聚集区。
这条运粮的官道，也逐渐成为北京东部的重要交通要道。
由于漕运的繁忙，通州达到了盛极一时的状况。
每年阴历的三月初一，北直隶、河南和山东诸省的运粮船便沿着运河抵达通州。
四月安徽，五月南直隶，六月浙江、湖广，一直延续到十月，各省区的船帮按照规定的日子陆续抵达。
每一支船帮按规定只能在通州逗留十天，由于时间短，卸货任务重，就直接导致了通州城“城门夜不闭，灯火烂星光”的繁忙景象的出现。
通州漕运的繁盛让通州漕运司使孔希贵等一批官员大发横财，有银子后开始大肆在通州买地，变成通州最大的地主。