到了，公元192年董卓被杀，董卓麾下将校们选择了不同的政治路线，
一是段煨、徐荣、胡珍、董承等人归降汉室；
二是牛辅、李傕、郭汜、张既等人则选择了观望，既不投降汉室也不为董卓报仇。
但事情变化太快，牛辅被杀，李傕、郭汜等人在贾诩挑动下反攻长安。
李傕、郭汜掌控了朝廷，胡珍再次投靠李郭，徐荣战死，西凉军团进入后董卓时代。
兴平二年（195年），李傕与郭汜互相攻击达数月之久，刘协很怀念旧京洛阳，
刘协提出东迁至弘农。
刘协车驾进至华阴时，段煨以隆重的礼仪迎献帝住在他的军营。
由于段煨和护送乘舆的杨定有些隔阂，故迎乘舆时不敢下马，只在马上作揖。
侍中种辑素与杨定关系密切，乘机钻了空子，说“段煨想造反”。
刘协说：“段煨来欢迎我们，怎么说他是在造反？”
种辑便是说：“他迎不至界，拜不下马，脸色大变，必有异心”。
太尉杨彪等极力辩解：“段煨根本不会造反，我们敢拿自己的头来担保。车驾可以住在他的军营。”
董承、杨定都在煽动：“郭汜今率领七百骑兵入煨营。”
刘协信以为真，遂露宿于道南。
杨定进攻煨营，十多天攻不下来，
而段煨还是照常供应膳食，侍奉百官，终无二心。
从段煨对汉献帝的态度来看，他是忠于汉室的。
还有一段记载非常有意思，董卓西迁至长安，段煨留守华阴，在华阴时候，段煨勤修农业事业，不掳掠百姓，百姓得以安乐（修农事，不掳掠，百姓安之）。
西凉士兵羌胡混杂，向来都是抢掠无度的，而段煨的做法堪称一股清流。
公元196年，曹操迎汉献帝都许，
198年朝廷派谒者裴茂都督段煨与关中诸将前往讨伐李傕。
李傕伏诛，被灭三族，李傕的头还被拿到许县，诏命高悬示众。
刘协任命段煨为安南将军，调镇远将军，领北地太守，封闅乡侯。
后来，还成为为大鸿胪、光禄大夫（九卿之一）。