于海生在安排这些商业人员进入金陵的时候，王佑安正在召集艾能奇和席大柱等人开会。他看着艾能奇问：“金陵那边准备的怎么样了？”艾能奇说：“已经准备了三个据点，这三个据点都靠近城门边，我们已经进去了大约有近百人。这几家提供的几百人，我准备把他们全部放到铺面里面去，现在铺面上保护铺面上的安全，这样也不会引起别人的注意。我准备训练四五天后开始潜入金陵。王佑安点点头，转头看向席大柱，席大柱见王佑安看向他，连忙回答说：“几个兄弟他们已经过去了，今天又在这些家丁里面选了近70多个人，这些人都是能够骑马狂奔的，武艺上也有一些基础，作为传送信息这些完全没有问。就遇到紧急情况就是临时组建成骑兵部队，虽然作战能力赶不上专业的骑兵，但也可以应付一些事情。”王佑安转头对旁边的通讯兵说：“你通知何三九他们把所有舰队集中到长江口外，先封锁外海，等金陵这边布置好了，他们就要封锁整个长江。同时整个长江的重要军事据点全部交给海军来控制，海军也要拿出方案来，提前做好准备，等到条件成熟，我们要一举控制整个江南，把整个江南地区和北方完全分隔开。”
在长江口的外海上停泊了一大片的舰船，所有的舰船都被漆成了白色，最大的那艘舰船是北洋水师的旗舰。新上任的郑三九已经接到了王佑安的命令，正在和一大群海军军官研究作战方案，已经换上了将星海军服的郑三九沉声说：“总统大人命令已经下达给我们，我们除了要消灭明军的水上力量以外，我们还要占领沿江的军事要地。只是这次作战不是在海上，我们的帆船基本上是用不上。但自古以来水上都是大船胜小船，那么我们这次作战的船只还是要选好，要保证适应江河作战的船只，好在我们的很多大型船只都是由蒸汽机推动的，即使没有了船帆，作战也是没有问题。明朝战船种类极多，除了前代已有的战船，如楼船、蒙冲、斗舰、海鹘、走舸、游艇等外，还有四百料战座船、四百料巡座船、九江式哨船、划船等。这些船只很小，应该对我们不会造成多大的麻烦，关键是我们要赢得漂亮，还要为海军陆战队的登陆作战争取时间。
其实明军还还有几种船是在江河使用的，郑三九没有在江河作过战，还不知道明军有这些船支，鹰船：轻型，两头尖翘，不辨首尾，进退如飞，机动性强。四周用茅竹密钉以掩护，竹间留铳眼。常冲入敌阵，与沙船配合。赤龙舟：轻型，船身像龙，分为3层，内藏火器刀枪。船首如龙头张口，内藏士兵一人，侦察敌情。龙背用竹片钉之，胸开一小铁门，两侧各有1口供一兵划桨。身有坚木架2个，船龙骨以铁坠，使船平稳。内部除兵器外不装他物，2兵于其内发射火器，一兵掌舵操帆。常以数百船齐射攻敌。车轮舸：以轮击水的战船，长4丈2，宽1丈3，外虚边框各1尺，内安4轮，轮头入水约1尺，船速远快于划桨。船前平头长8尺，中舱长2丈7，尾长7尺。上有板钉棚窝，通前彻后，两边伏下，每块板长5尺，宽2尺。作战时先放神沙、沙筒、神火，之后掀开船板，士兵立于两侧，向敌船抛掷火球，发射火箭，投掷标枪，毁杀敌船。蜈蚣船：大型，仿葡萄牙多桨船，底尖而阔，航行迅速，逆风亦可行，不惧风浪。上有千斤佛郎机舰炮并有火球、火箭。
郑三九看着这些听他讲话的人，心里升起一阵一阵豪气，他从原来的普通渔民成长为掌控北洋舰队的主要负责人，这几年付出了相当的努力，特别是福建外海一战，他差点丢了性命。他朗声说：“你们要研究沿江需要要占领的军事要地有哪些？海军陆战队要一击必中，要攻得上去还要守得住。”
南京三面环水易攻难守，驻守南京的主要力量是江北四镇：位于长江偏北地区，是当时重要的四个军事重镇，分别是扬州、泗州、淮安与庐州。这些地方地理位置靠近明朝南方都城南京，对于定都南京的南明来说，一旦失守，南京也岌岌可危，长江水师的驻守城市主要是淮安。普子口陈是南京的重要门户，当年朱元璋修筑浦子口城、调整行政区划的种种举措，都是围绕着加强京师防务，把应天府建成为全国首善之区的目标而实施。《南京建置志》介绍，浦子口城城墙周长“十六里有奇”，设东、西、北门各1座，南门2座一大一小，建成后就在此设立了卫所军“应天卫”。到明代中叶，浦子口城成为南京应天府长江北岸防区的中心，是军队装备后勤的储存基地。到当时规划的编制，周边卫所增加到10个，共5万多人。还有一个关键点就是采石镇：位于马鞍山市，也是南京的门户，也是北进江淮的腹地，南守江南的长江要冲。自东汉开始便在此地屯兵，明洪武二年，明朝在采石镇设巡检司。