1912年元旦，孙中山在南京宣布就职，组建中华民国临时政府。
这一年，于是成为民国元年。
不久，孙中山发表公开声明，表示只要袁世凯赞成清帝退位，他“贞吉，无悔，”即行辞职让位于袁世凯。袁世凯闻言，入宫威胁隆裕太后签下退位诏书，逼迫不足七岁的末代皇帝溥仪正式退位。
至此，持续近三百年的清朝统治和两千多年的封建专制制度被推翻。“君子之光，有孚吉，”孙中山表现出了令人景仰的君子之风，在颁布带有宪法性质的《中华民国临时约法》后，正式辞去临时大总统职务。
他继续大力宣传三民主义，呼吁平均地权，兴办实业。这一年8月，在宋教仁的奔走努力下，同盟会改组成为当时中国人数最多、规模最大的政党国民党。孙中山“有孚于饮酒，无咎，”被推举为国民党第一任理事长。
然而在1913年3月，宋教仁在上海被暗杀，袁世凯被认为是暗杀的幕后策动者。孙中山深感“濡其首，有孚失是，”于是立主发动二次革命武力讨袁，失败后再度流亡日本。
他在东京组织成立了中华革命党，继续为扞卫共和制度而斗争。同时开始着手撰写《建国方略》，总结革命经验得失，提出改造和建设中国的宏伟计划，被尊称为“中华民国国父”。
一代伟人指出中国反帝反封建的资产阶级民主革命，是从孙中山开始的。他使人们认识到救国必须革命，必须推翻封建皇权。