秦明趁机冲向中央控制台，输入灯塔坐标作为密码。污水处理厂的排水系统突然倒转，富含锈菌的地下水逆流回管网，所有宿主的印记开始崩解。实验体发出尖锐的啸叫，身体逐渐透明，最终化作无数蓝色光点，融入暴雨之中。
当秦明赶回法医中心时，林小蝶正蜷缩在标本室，发卡的水母纹路已恢复如初。她举起张从实验体身上找到的纸条，上面用母亲的笔迹写着：“第50号的弱点在心脏，那里藏着你父亲的怀表碎片”——与实验体残骸中心脏位置的银色碎片完全吻合。
凌晨三点，暴雨渐歇。秦明站在钟楼顶端，看着怀表指针与铜钟阴影重合，城市的灯光次第亮起。陈诗羽发来消息，所有新生儿的胎记已消失，X组织的全球据点再次断电，这次留下的不是荧光字，而是段加密视频：
画面中，X组织的最高首领摘下蛇形面具，露出与秦明父亲相似却更苍老的面容：“秦朗，你用锈菌基因毁了涅盘计划，但你别忘了——”他指向身后的培养舱，里面漂浮着第51号实验体，颈侧的印记是从未见过的双生蝶形，“基因的战争，永远没有终章。”
怀表在掌心发烫，秦明摸向表盖内侧，父亲的最后留言终于显形：“孩子，当你读到这些，我和妈妈已化作你基因里的光。记住，法医的解剖刀不仅能切开真相，更能守护生命最初的模样”。
雨停了，第一颗晨星从钟楼尖顶升起。秦明知道，X组织的“涅盘计划”只是序曲，真正的基因迷局，仍在黑暗中等待破茧。但此刻，他看着法医中心楼下的万家灯火，看着林小蝶在实验室里专注的侧脸，突然明白：所谓的“茧房”，从来困不住那些愿意在雨夜中寻找光明的人。
而在深海的X组织基地，第51号实验体缓缓睁开眼睛，瞳孔里倒映着龙番市的黎明。它颈侧的双生蝶印记，正随着第一缕阳光，轻轻颤动——那是基因与人性的博弈，也是属于法医秦明的下一个谜题。