萧望之忧虑宦官专权会危害国家，向元帝进谏说：“中书政本，国家枢机，宜以通明公正处之。武帝游宴后庭，故用宦者，非古制也。宜罢中书宦官，应古不近刑人。” 元帝虽然觉得萧望之的话有道理，但刚即位不久，不敢轻易做出调整，此事便议论久而不决 。石显等人因此对萧望之怀恨在心，伺机报复 。
不久之后，石显等人趁萧望之休假，向元帝上奏萧望之等人谋划罢黜车骑将军史高，离间元帝与许、史两族外戚 。元帝不明就里，让弘恭去调查 。萧望之面对弘恭的询问，坦然答道：“弹劾外戚只是匡正朝纲，不是阴谋。” 然而，弘恭、石显却向元帝歪曲事实，上报说萧望之攻击朝中大臣，企图独揽大权，并建议“谒者召致廷尉” 。元帝不明白“召致廷尉”就是下狱的意思，稀里糊涂地批准了 。
后来元帝发现萧望之被下狱，才意识到自己被欺骗了，他怪责弘恭、石显，两人叩头谢罪后，元帝竟然心软作罢 。元帝本想释放萧望之并复职，石显等却串通史高从中作梗，致使萧望之虽被释放，但革职为民 。数月之后，元帝思念萧望之，再次下诏封萧望之为关内侯，并准备起用他为丞相 。萧望之的儿子萧汲听说元帝要起用父亲，就上书为父亲之前入狱鸣冤 。弘恭、石显趁机在元帝面前竭力诋毁萧望之，说他不服之前的惩罚，是将过错归结到皇帝身上，让元帝下达拘捕令 。萧望之性情刚直，无法忍受再次入狱的羞辱，在家饮鸩自杀 。
元帝得知萧望之自杀的消息后，大惊失色，悲痛地喊道：“果然杀吾贤傅！” 他召见石显等人问责，石显等脱下冠帽跪地认罪，但元帝最终还是没有对他们进行严惩 。萧望之的死，是元帝统治时期的一个重要转折点，从此，外戚、儒臣、宦官三种势力角逐，宦官逐渐占据上风，皇权旁落，朝政日益混乱 。
萧望之死后不久，中书令弘恭病死，石显继任中书令 。此时的元帝体弱多病，又沉迷于音乐，对朝政逐渐失去了兴趣，便将朝政大权全部委托给石显 。石显大权在握后，更加肆无忌惮地结党营私，排除异己 。他一面讨好元帝，把握人主喜好，欺哄元帝；一面大肆迫害那些敢于反对他的大臣 。太中大夫张猛、御史中丞陈咸、魏郡太守京房、侍诏贾捐之等都先后被石显所害，而见风使舵依附他的匡衡、贡禹、五鹿充宗等皆得宠位 。
在这样的政治环境下，西汉王朝的统治逐渐陷入危机。官场腐败成风，卖官鬻爵现象屡见不鲜，百姓生活困苦，社会矛盾日益尖锐 。而元帝却对此视而不见，依然沉浸在自己的音乐世界中，对石显的专权行为听之任之 。
在对外关系上，元帝时期的汉匈关系发生了重大变化。匈奴在经历了长期的内乱后，分裂为南北两部。南匈奴呼韩邪单于在汉朝的支持下，逐渐稳定了自己的势力，但北匈奴郅支单于却野心勃勃，企图重新统一匈奴，并对汉朝在西域的统治构成了严重威胁 。
建昭三年（前36年），西域都护甘延寿与副校尉陈汤，在没有得到朝廷批准的情况下，果断采取行动，联合西域诸国，率领四万多人的大军，突袭郅支城 。经过激烈的战斗，汉军斩杀郅支单于，取得了一场辉煌的胜利 。此战不仅巩固了汉朝在西域的统治，也彰显了汉朝的国威 。然而，甘延寿和陈汤“矫诏出兵”的行为，在朝廷上引发了激烈的争议 。有人认为他们擅自行动，违反了朝廷的规定，应该受到惩罚；也有人认为他们立下了赫赫战功，应该得到嘉奖 。元帝最终权衡利弊，决定嘉奖陈汤，封他为关内侯 。
郅支单于被消灭后，呼韩邪单于既为消灭政敌而高兴，又对汉朝的强大感到畏惧 。竟宁元年（前33年）正月，呼韩邪单于再次入朝，向元帝提出了和亲的请求，希望能成为汉朝的女婿，以巩固汉匈之间的友好关系 。元帝欣然应允，决定从宫中挑选一名女子赐给呼韩邪单于 。
王昭君，这位出身贫寒却有着倾国倾城之貌的女子，就这样走进了历史的舞台 。她因不肯贿赂画师毛延寿，被画得丑陋，一直得不到元帝的宠幸 。当听说朝廷要挑选宫女与匈奴和亲时，王昭君毅然主动请行 。在临行前举行的欢送仪式上，元帝第一次见到了王昭君，她丰容靓妆，光彩照人，顾影徘徊，竦动左右，元帝不禁大为震惊，心中懊悔不已，很想把她留下，但又不便失信，只得让她随呼韩邪出塞而去 。
王昭君出塞后，为汉匈之间的和平友好做出了巨大贡献。她带去了汉朝的文化和技术，促进了匈奴的发展，也使得汉匈之间长期保持着和平的局面 。元帝认为这次政治联姻可使“边陲长无兵革之事”，特意把年号改为“竟宁”，意即边境安宁之意 。
然而，就在这看似和平的表象下，西汉王朝的内部矛盾却日益尖锐。土地兼并之风盛行，大量农民失去土地，沦为流民，社会动荡不安 。元帝虽然也采取了一些措施来缓解社会矛盾，如多次开府库、免租赋、徭役，将一些国有的江、海、泽、园池免租借给贫民等，但这些措施都只是治标不治本，无法从根本上解决问题 。
竟宁元年五月壬辰日（前33年7月6日），汉元帝刘奭病逝于未央宫，终年42岁 。他在位16年，这16年里，他试图以儒家思想来治理国家，推行仁政，却因自己的优柔寡断和对宦官的过度信任，导致朝政混乱，宦官专权，社会矛盾激化，西汉王朝在他的统治下逐渐走向衰落 。
元帝去世后，太子刘骜登基，是为汉成帝 。汉成帝即位后，更加昏庸无能，沉迷于酒色，将朝政大权交给外戚，导致外戚势力日益膨胀，西汉王朝的统治陷入了更深的危机之中 。刘奭的一生，充满了矛盾与争议，他以艺术家之心行帝王之事，虽在文化与外交上有所建树，但终究无法挽回西汉王朝由盛转衰的命运 。他的故事，成为了西汉历史上的一段悲歌，也为后人留下了无尽的思考 。