四、无奈禅位，悲惨结局
司马德文在位期间，虽然试图有所作为，但在刘裕的强大压力下，他的一切努力都显得那么微不足道 。刘裕为了称帝，不断给自己加官进爵，先是进位宋王，又获加皇帝规格的十二旒冕、天子旌旗等一系列殊礼，距离皇位仅一步之遥 。
元熙二年（公元420年），刘裕认为时机已经成熟 。他命令党徒傅亮草拟好禅位诏书，入宫逼迫司马德文誊抄 。司马德文看着这份诏书，心中五味杂陈 。他知道，东晋的命运已经走到了尽头 。但他并没有反抗，而是坦然接受了这一切 。他执笔抄写诏书，并对左右说：“桓玄篡位时，晋室已经失去天下了，因为有刘公（刘裕），才延长了将近二十年的国祚 。今日禅让，我心甘情愿 。”
司马德文的这番话，既是对东晋命运的无奈叹息，也是对刘裕的一种示弱 。他希望通过这样的方式，能够保住自己的性命 。禅位后，司马德文被降为零陵王，迁居秣陵（今江苏南京江宁），由冠军将军刘遵考率兵监视 。
然而，刘裕并没有打算放过司马德文 。他担心司马德文会成为东晋旧臣复国的旗帜，于是决定斩草除根 。司马德文被贬为零陵王后，行事更加小心谨慎，整日闭门不出 。他与皇后褚灵媛（褚爽之女）相互扶持，艰难度日 。褚皇后生下一个儿子，这本是一件喜事，但却被褚灵媛的兄长褚秀之、褚淡之奉刘裕之命将男婴扼杀，断绝了司马氏的血脉 。
永初二年（公元421年），刘裕终于对司马德文下了毒手 。他先派琅琊侍中张伟携毒酒去秣陵鸩杀司马德文 。张伟不忍谋害故主，又无法向刘裕交代，竟在路上喝下毒酒自尽 。刘裕得知后大怒，于是改派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的亲兵暗暗跟在后面 。
褚皇后听到兄长来了，出外相见 。就在这时，士兵们趁机翻墙而入，将毒药递给司马德文 。司马德文摇头拒绝说：“佛教教义中说，人凡自杀，转世不能再投人胎 。”士兵们见他不肯服毒，便一拥而上，用棉被蒙住他的脸面，用力扼死 。这位年仅36岁的末代皇帝，就这样悲惨地离开了人世 。
司马德文被杀后，谥号“恭皇帝” 。“恭”字，在谥号中有着“尊贤贵义曰恭，敬事供上曰恭，尊贤敬让曰恭”的含义 。但对于司马德文来说，这个谥号更多的是一种无奈和悲哀 。他一生恭谨内敛，试图在乱世中挽救东晋的命运，但最终却成为了禅让制度下的牺牲品 。
司马德文的一生，是悲剧的一生 。他出生在东晋王朝风雨飘摇的时期，虽然有着挽救国家的志向和抱负，但却始终无法摆脱命运的安排 。他在权臣的夹缝中生存，最终还是难逃被杀害的厄运 。他的故事，成为了东晋王朝灭亡的一曲悲歌，也让后人看到了历史的残酷与无情 。