诸葛亮刚去世，众人秘不发丧，杨仪让费祎去探探魏延的想法。魏延说：“丞相虽然去世了，但我还在。相府的亲信官员可以带着他的灵柩回去安葬，我自然会率领各路军队攻打敌人，怎么能因为一个人的死就荒废天下的大事呢？况且我魏延是什么人，难道要被杨仪统领，做断后将军吗！” 接着他就和费祎一起商议哪些人留下、哪些人出发的安排，让费祎亲笔写下文书，和自己联名，告知各位将领。
费祎骗魏延说：“我会回去给杨长史解释，杨长史是文官，不太熟悉军事，肯定不会违背您的命令。” 费祎一出营门就骑马飞奔而去，魏延很快就后悔了，可追已经追不上了。
魏延派人去侦察杨仪等人的动静，发现他们打算按照诸葛亮生前的安排，各营依次撤军返回。魏延大怒，在杨仪还没出发的时候，就率领自己的部下径直向南返回，所经过的地方，都把阁道烧毁了。
魏延和杨仪各自上书说对方叛乱，一天之内，告急的文书接连送到朝廷。后主刘禅问侍中董允、留府长史蒋琬，蒋琬和董允都担保杨仪，怀疑魏延。
杨仪等人劈山开路，日夜赶路，也跟在魏延后面。魏延先到达南谷口，派兵迎击杨仪等人，杨仪命令何平在前面抵御魏延。何平斥责魏延的先头部队说：“丞相刚去世，尸骨未寒，你们这些人怎么敢这样做！” 魏延的士兵们知道错在魏延，没有谁愿意为他卖命，军队全都溃散了。
魏延只和他的几个儿子逃向汉中。杨仪派马岱追击，斩杀了魏延，把他的首级送到杨仪那里。杨仪站起来，用脚踩着魏延的首级说：“庸奴！还能作恶吗？” 随后又诛灭了魏延的三族。
起初，蒋琬率领宿卫各营向北进军，去处理事变，走了几十里，传来了魏延被杀的消息，就率军返回了。
推究魏延的本意，他不向北投降魏国而向南返回，只是想杀掉杨仪等人。因为平时将领们的看法就不一致，他希望当时的舆论会让自己代替诸葛亮。他的本意就是这样，并不是要背叛蜀汉。
《魏略》记载：诸葛亮病重，对魏延等人说：“我死后，你们只需谨慎防守，千万不要再出兵了。” 他让魏延代理自己的事务，秘密带着他的灵柩离开。魏延于是隐瞒了诸葛亮去世的消息，走到褒口，才公布丧事。诸葛亮的长史杨仪一向和魏延不和，看到魏延代理军事，害怕被他杀害，就散布谣言说魏延要率领部众向北归附魏国，接着率领自己的部众攻打魏延。魏延本来没有归附魏国的想法，没有交战就率领军队逃走，杨仪追击并杀了他。
臣松之认为这大概是敌国传闻的说法，不能和本传的记载相提并论来判断真假。
杨仪，字威公，襄阳人。建安年间，他担任荆州刺史傅群的主簿，后来背弃傅群，去投奔襄阳太守关羽。关羽任命他为功曹，派他向西去拜见先主刘备。刘备和杨仪谈论军国计策、政治得失，非常高兴，于是征召他为左将军兵曹掾。等到刘备成为汉中王，提拔杨仪为尚书。刘备称帝后，向东征讨吴国，杨仪和尚书令刘巴关系不和睦，被降职为遥署弘农太守。
建兴三年，丞相诸葛亮任命杨仪为参军，代理相府事务，让他跟随自己南行。建兴五年，杨仪跟随诸葛亮前往汉中。建兴八年，他升任长史，加授绥军将军。诸葛亮多次出兵，杨仪常常负责规划部署，筹措粮食，不用花费太多心思，很快就能完成。军队的调度安排，都由杨仪负责处理。诸葛亮十分爱惜杨仪的才干，又倚重魏延的骁勇，常常为两人不和而遗憾，不忍心偏袒任何一方。
建兴十二年，杨仪跟随诸葛亮出兵屯驻谷口。诸葛亮在战场上去世。杨仪率领军队返回后，又讨伐诛杀了魏延，自认为功劳最大，应该代替诸葛亮执掌朝政，他叫都尉赵正用《周易》为自己占卜，得到 “家人” 卦，沉默不语，很不高兴。而诸葛亮生前早已暗中指定，因为杨仪性格急躁狭隘，有意让蒋琬接替自己，蒋琬于是担任尚书令、益州刺史。杨仪回到成都后，被任命为中军师，没有统领什么军队，只是闲居而已。
当初，杨仪担任先主的尚书时，蒋琬是尚书郎，后来两人虽然都担任丞相参军长史，但杨仪常常跟随诸葛亮出行，承担繁重的任务，他自认为资历和官职都比蒋琬早，才能也超过蒋琬，于是怨恨愤怒表现在言行上，叹息怒斥之声发自内心。当时的人都害怕他说话没有节制，没有谁敢亲近他，只有后军师费祎前去安慰探望他。杨仪对费祎表达怨恨，说了很多不满的话，还对费祎说：“从前丞相去世的时候，我如果率领军队投靠魏国，处世难道会落魄到这种地步吗！真让人后悔莫及。” 费祎秘密上奏了他的话。
建兴十三年，杨仪被废为平民，流放到汉嘉郡。杨仪到达流放之地后，又上书诽谤朝廷，言辞激烈，于是朝廷下令让郡里逮捕杨仪。杨仪自杀身亡，他的妻子儿女回到蜀地。
《楚国先贤传》说：杨仪的哥哥杨虑，字威方。年轻时就有德行，是江南一带的杰出人才。州郡以礼征召，各位公卿大臣辟请，都不能使他屈服。十七岁时去世，乡里人称他为德行杨君。
评论说：刘封处于容易引起嫌疑的位置，而他的思虑防备不足以保护自己。彭羕、廖立凭借才能被提拔，李严因为才干气度显达，魏延因为勇猛有谋略被任用，杨仪因为胜任官职而显要，刘琰是旧臣，他们都曾尊贵显赫。看他们的举动，考察他们的行为准则，招来灾祸，没有不是自己造成的。