他语气沉稳，事实清晰，首先稳住基本盘。
“至于言官所论‘奇技淫巧’、‘败坏士风’，”徐光启话锋一转，声音提高了几分，“臣请问，若无先贤‘格物’之精神，何来神农尝百草？何来周公制礼作乐？何来蔡伦造纸、毕昇活字？圣人之道，在乎经世致用，在乎利用厚生！若空谈义理而无补于国计民生，与纸上谈兵何异？辽东之宁远，若无火器之利，何能固守？此非‘匠作’之功耶？”
他再次以铁的事实——宁远大捷——来回击空泛的道德指责，极具说服力。
“臣推行‘匠作改良’，非为标新立异，实乃因时制宜，求富国强兵之实路！”徐光启语气恳切，目光扫过那些攻击他的官员，“若言此便为‘变乱祖制’，则太祖高皇帝驱除鞑虏、恢复中华，又何尝不是‘变’？成祖文皇帝迁都北京、五征漠北，营建紫禁、编纂大典，又何尝不是‘新’？祖宗法度，当法其利国利民之精神，而非泥其一时一地之陈规！”
这一番话，引据开国、永乐旧事，将“变革”提升到王朝进取精神的高度，格局顿时不同。
万历皇帝听着，心中的不悦和疑虑稍减。徐光启说得在理，尤其是提到宁远和永乐旧事，让他觉得似乎没那么严重。但他对“海疆不宁”的指控还是放心不下。
“海上的事，究竟如何？”万历追问。
徐光启从容道：“陛下，东南海疆，自有督抚、总兵镇守。有无‘私造大船、勾结外蕃’，当问之于地方有司，查之以国法。若仅因臣在江南稽核改良农工之器，便妄加牵连，指鹿为马，臣恐非但于国无益，反令实干之臣寒心，令宵小之辈得意！臣恳请陛下，明辨是非，勿使谗言中伤忠良，阻碍朝廷求治图强之业！”
他将问题抛回给具体的地方衙门和国法，并暗示这是对手的“谗言中伤”，意图“阻碍图强”。
朝堂上一时寂静。徐光启的应对，有事实，有高度，有逻辑，并未落下风。
万历皇帝沉吟片刻。他固然厌恶麻烦，但徐光启是他目前最能替他“搞钱”、“维稳”的得力大臣，而且听起来，似乎确实是别人在找麻烦。
“好了！”万历不耐烦地挥挥手，“些末之事，吵吵嚷嚷，成何体统！徐先生所行，朕心里有数。海上的事，着东南督抚严查便是！至于匠作改良，”他顿了顿，看了一眼徐光启，“既于国计民生有益，便继续仔细办着，但切记朕的话，不可生事，不可靡费！退朝！”
一场突如其来的朝堂风暴，在徐光启的据理力争和皇帝对其“办事能力”的依赖下，暂时平息。但徐光启知道，这只是开始。对手已经将“匠作改良”与“海疆安全”这个更敏感的话题捆绑，未来的阻力和风险，只会更大。而他必须加快步伐，用更多、更无可辩驳的“实绩”，来筑牢自己的防线，并真正触及那个能带来颠覆性变化的领域——海事。
退朝后，徐光启回到文渊阁，立即密令李之藻和宋应星：加快对舟船、水利相关技艺的收集整理，同时务必更加隐秘谨慎。而他则开始认真思考，如何将“开海禁”这个更为宏大、也更为危险的议题，与“匠作改良”、“富国强兵”一步步地联系起来，并寻找合适的契机，再次触动皇帝那根只对“利”与“安”敏感的神经。帝国的改革，已行至深水区，前方暗礁密布，风高浪急。