更甚者，魏忠贤迫害中宫、害死裕妃，桩桩件件都有她的参与。
九月，崇祯借口“后宫非外妇久居之地”，命客氏迁出皇宫。
那一日，客氏五更便身着衰服，跌跌撞撞扑到熹宗的梓宫前。
从袖中取出一个用黄龙袱包裹的小函——里面是熹宗的胎发、痘痂，还有历年剃下的头发、脱落的牙齿和指甲。
她跪在地上，一边哭一边将函中物焚化，火焰映着她的脸，满是思念与不甘。
待火灭后，她被太监架着痛哭出宫而去。
客氏出宫，魏忠贤心内不安，便假意乞辞东厂提督之职。
崇祯却笑着驳回：“厂公是先朝旧臣，朕正需倚重，何谈辞官？”
他深知，魏忠贤树大根深，若贸然削权，恐引发兵变，只能先剪其羽翼。
东林诸公经过试探已明崇祯心意！
不久国子监司业朱三俊率先开始发难。
第一个被开刀的，是监生陆万龄。
天启年间，陆万龄为讨好魏忠贤，竟上奏请在国子监旁为魏忠贤建祠。
称“孔子作《春秋》，忠贤作《三朝要典》；孔子诛少正卯，忠贤诛东林党人”，荒唐至极。
熹宗虽未准，却也未加斥责。
朱三俊弹劾陆万龄，称其“亵渎圣教，谄媚奸宦”。
崇祯当即下旨，将陆万龄与同党曹代打入大狱。
魏忠贤闻讯，忙上疏请停止各地建祠。
崇祯准了，却保留了之前赐给魏忠贤的“顾命元臣”匾额。
他要让魏忠贤觉得，自己仍将倚仗他。
可私下里，他已命人暗中调查各地建祠的费用，发现多是官吏搜刮民脂民膏所得。
便借着“充辽饷”的名义，将这笔钱收归国库，既断了魏忠贤的财源，又赢得了民心。
十月，崇祯的矛头又指向了魏忠贤的“干儿”崔呈秀。
崔呈秀原是东林党人，后因贪赃被弹劾，转而投靠魏忠贤，成了阉党的核心人物。
他任兵部尚书时，卖官鬻爵，娶娼妓为妾，甚至为了当官，母亲去世都不肯丁忧。
杨维垣、陆澄源、贾维春三位大臣接连上疏，弹劾崔呈秀“借厂臣之势，行一己之私”“三纲废弛，人禽不辨”。