もちろん、観応3年6月25日に良基は広义门院から関白「还补」の命を受け、それも良基が広义门院に治天の君となることを同意の一つ条件であろう。
この过程で和平构想に失败した公贤とその縁戚である一条経通?鹰司师平らの政治力は失坠し、政务は良基及び九条経教?近卫道嗣ら新帝支持を决断した少数の公卿らによって运営していくことになる、それは良基の「天下独歩」へ始めるであろう。
だが、朝廷では三种の神器のない天皇の即位に対して异论が喷出した。その际、良基は「尊氏が剣（草薙剣）となり、良基が玺（八尺琼勾玉）となる。何ぞ不可ならん」と啖呵を切ったと言われている。
後白河法皇が後鸟羽天皇を即位させた例にあるとはいえ、だたし、後鸟羽天皇より、北朝の権威は大幅に低下し、女性治天の君はもちろん异例、権威の失坠も当然であった。そして、この一连の流れは正平一统と相まって、後に北朝でなく南朝に皇统の正统性を认めるも北朝の権威が低下の一つ原因であろう。
6月3日、幕府を代表した佐々木道誉が勧修寺経顕を通して広义门院へ上皇の代理を申し入れたが、広义门院は三上皇?亲王の拉致に全くなすすべなかった幕府及び公家达に强い不信感をあらわにし、义诠の申し出を完全に拒否した。広义门院の受诺を得るほかに解决策が皆无の幕府は、広义门院へ恳愿を重ね、6月19日にようやく承诺を取り付けるに至った。
広义门院が上皇の役割を代行することは、事実上、広义门院が治天の君として院政を开始することを意味していた。実际、6月19日以降、政务?人事に関する広义门院の令旨が出されはじめており、6月27日には「官位等を正平一统以前の状态に复旧する」内容の広义门院令旨（天下一同法）が発令され、この令旨により、それまで停滞していた政务?人事?仪式などがすべて再に动き始めることとなった。弥仁王も同年8月に践祚して後光厳天皇となった。南朝は、上皇ら拉致により北朝?幕府侧を回复不能の穷状へ追い込み、圧倒的な优位に立ったはずだったが、広义门院の政务受诺によりその优位性をほぼ完全に失ってしまった。
正平12年（1357年）2月に光厳院、崇光天皇と直仁亲王とともに帰京する。でも、不测の事态もあった。皇位を追われた崇光院と後光厳の関系は微妙なものがあり、応安3年（1370年）8月に後光厳が自らの子息绪仁への譲位を望むとともに、両者の関系は正式的な决裂した。崇光院は即位の事情から後光厳の天皇となる正统性を疑われており、绪仁を正式に皇太子に立てることもできなかった後光厳に対し、逆に崇光は自らの皇子栄仁の即位を要求していた。
この状况に対して、幕府管领细川頼之が指导する幕府で不介入方针をもって、最终的には後光厳に押し切られ、後光厳から绪仁への譲位が実现した。
その时期、崇光は後光厳に対する连続の挑戦を行く、南北両朝の京都争夺とともに、王家の権威は不断下げる。南朝対策など政治は胶着状态であったが、春日神木の入洛など寺社势力による强诉が相次ぎ朝廷仪式は衰退するなど、深刻な状况であった。
応安3年、兴福寺内纷を巡る春日神木の入洛があり、廃朝状态となる。後光厳上皇は强诉を镇圧しようとするが、衆徒たちは激しく抵抗して神木を洛中に留めて後光厳を支持する公卿を放氏処分とする。このため後光厳は孤立した。
康暦2年（1380年、南朝天授6年）、十市远康ら南朝方武家に夺われた寺社领の返还を求める兴福寺の大衆が春日大社の神木を奉じて洛中に强诉に及んだ（康暦の强诉）。摂関家以下藤原氏系の公卿は神木の神威を恐れて出仕を自重して宫中行事が停滞する中、三代将军足利义満は自分が源氏であることを理由に出仕を続け、一时中断していた御游始?作文始?歌会始などを立て続けに大々的に再兴して反対に大衆を威圧した。このため、同年12月15日に大衆と神木は幕府の十市讨伐の约束以外に具体的な成果を得ることなく奈良に戻り、歴史上初めて神木入洛による强诉を失败に终わらせて寺社势力に大打撃を与えた。
义満は永和4年（1378年、天授4年）3月に右近卫大将に任ぜられ（征夷大将军と近卫大将兼务は惟康亲王以来）、5か月後には権大纳言を兼务して以後、朝廷の长老である二条良基の支援を受けながら、公家社会の一员として积极的に参加する姿势を见せる。
永徳3年（1383年、南朝弘和3年）には武家として初めて源氏长者となり淳和?奨学両院别当を兼任、准三后の宣下を受け、名実ともに公武両势力の顶点に上り诘めた。摂関家の人々にも偏讳を与えるようになるなどその势威はますます盛んになり、掣肘できるものは皆无に等しかった。また、これまで院や天皇の意思を伝えていた伝奏から命令を出させ、公武の一体化を推し进めた。
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