不过中间发生了些意外，史密斯特工这机器人子程序彻底脱离母体，并拥有了类似电脑病毒的强大感染的能力，要危害到母体的存在。
最终主角尼奥用击杀史密斯为条件，与机器人母体成功和谈，让人类可以自由选择是留在矩阵世界继续当机器人的电池，还是回到残酷的末日现实世界真正的活着。
原着中，主角尼奥是用了自我牺牲的方式，让脱离机器人母体程序控制的史密斯，感染了他在矩阵中的身体。
史密斯感染尼奥后，才惊恐的发现他自身又重新与母体连接上了，他随后被母体清除掉了。
雷克想着，如果不存在尼奥这主角，他和小女王是救世主的话，是否也要至少其中一人牺牲。
当然，史密斯这脱离母体的机器人子程序的出现，在原着中也是主角尼奥第一次觉醒时，对其彻底击杀后触发的偶然事件。
要是这副本世界救世主尼奥不存在，就算史密斯特工这子程序机器人存在，自己和小女王估计也没办法让史密斯这子程序脱离母体，成为类似电脑病毒的存在。
雷克想着想着，自己也睡着了，现在分析真是太复杂了，还是像和小女王刚刚定的那样，等完成主线任务2，他和小女王去往上层真实世界再考虑吧。
第二天六点多，小女王就用龙骑士心灵沟通能力，给雷克脑中发来了她唱的歌声，把雷克叫醒了。
“你这比闹铃还吵啊，还关不了，龙骑士有你这种龙，绝对是它们的耻辱！”雷克回复抱怨着小女王。
雷克只能起来洗漱，随后去餐厅和小女王用早餐。