后来益州征召秦宓担任从事祭酒。刘备称帝后，打算向东征讨吴国，秦宓上书说从天道来看，这事肯定没好处，结果被抓进监狱关了起来，过了一阵子才被赦免释放。
建兴二年，丞相诸葛亮兼任益州牧，选秦宓担任别驾，没多久又任命他为左中郎将、长水校尉。吴国派使者张温来访问，朝廷百官都去为张温饯行。大伙儿都到齐了，就秦宓没去，诸葛亮好几次派人去催他。张温好奇地问：“这是个什么人啊？” 诸葛亮说：“是益州的学者。”
等秦宓来了，张温问他：“您读书吗？” 秦宓说：“五尺高的小孩都读书，何况我呢！” 张温又问：“天有头吗？” 秦宓说：“有啊。” 张温追问：“在哪个方向？” 秦宓说：“在西边。《诗经》里说‘于是回头向西望’，从这就能推断出，天的头在西边。”
张温接着问：“天有耳朵吗？” 秦宓答：“天在高处却能听到低处的声音，《诗经》里不是说‘鹤在深泽里鸣叫，声音能传到天上’吗？要是天没耳朵，怎么能听见呢？” 张温又问：“天有脚吗？” 秦宓说：“有。《诗经》里说‘上天的步履艰难，这人不如从前’，要是天没脚，怎么走路呢？”
张温继续问：“天有姓吗？” 秦宓说：“有。” 张温问：“姓啥？” 秦宓答：“姓刘。” 张温说：“咋知道的？” 秦宓回：“天子姓刘，所以知道天姓刘。” 张温又问：“太阳是从东边升起的吗？” 秦宓说：“虽然从东边升起，可最终要落到西边。”
秦宓回答问题快得像回声，随口就来，张温听了特别敬佩佩服。秦宓的文采和辩才，大多像这样。后来他升任大司农，建兴四年去世。
当初秦宓看记载帝王世系的文章，说五帝都是同一宗族，他辩驳说事实并非如此，并讲清了缘由。他还论述皇帝王霸豢养龙的说法，说得很有道理。谯周年轻时经常去请教他，把他的话记在《春秋然否论》里，因为文字太多，就没在这里记载。
评论说：许靖早就有名声，既因忠厚被称赞，又热心品评人物，虽然做事举动不一定都恰当，但蒋济认为他 “大致上是朝廷的有用人才”。（《万机论》评论许子将说：许文休这人，大致上是朝廷的有用人才，可许子将却贬低他。如果真的不看重他，那是不明智；要是确实了解他，那他就是好人。）麋竺、孙乾、简雍、伊籍，都从容不迫地发表议论，在世上受到礼遇。秦宓起初仰慕隐居避世的高尚，却没有大智若愚的实际表现。但他应对辞令很有本事，文采华美，称得上是一时的才士。