然而，盛世之下，暗流已悄然涌动。
这一年的冬天，比往年来得更早，也更寒冷。京师十月便降下大雪，积雪深达三尺，大运河提前结冰，漕运受阻；江南虽无大雪，却遭遇罕见寒潮，田地里的冬小麦冻伤大半，萧安带着农户们连夜覆盖稻草、草木灰，才勉强保住部分庄稼。
萧承业在巡查农田时，发现异常，连忙写下《寒灾预警疏》，呈给周文渊：“今岁寒潮早至，气温较往年低五度有余，恐是小冰河之兆。若不提前筹备，来年春耕受阻，夏粮恐减产，需尽快修缮粮仓，储备种子，推广耐寒作物！”
周文渊不敢怠慢，当即上报朝廷。朱翊镠召集大臣商议，张问达建议：“即刻调拨国库粮食，充实各地粮仓；令江南、江北各地，扩大红薯种植面积，红薯耐寒、高产，可应对寒灾；同时，命工部赶造保暖农具，协助农户防寒防冻。”
朱翊镠准奏，各项举措迅速推行。可谁也没想到，这场寒潮，只是危机的开端。
辽东方面，女真建州部首领努尔哈赤，表面上向大明称臣，派遣使节朝贡，暗地里却在积蓄力量。他利用辽东互市，大量购买大明的铁器、火药，招募流民，扩充军队，还派人潜入京师、江南，打探大明虚实，绘制战船、火器图纸。
努尔哈赤的次子皇太极，聪慧过人，在京师求学期间，表面上潜心学习格物之学，实则暗中结交不满朝廷的官员，收集大明军政情报。他亲眼目睹了大明的盛世气象，也深知大明水师、火器的威力，心中暗下决心：“大明虽强，却也并非无懈可击。待我积蓄足够力量，定要取而代之！”
这日，皇太极借口探望族人，返回辽东。努尔哈赤在赫图阿拉的中军大帐内，听皇太极讲述大明的情况，眼中闪过一丝贪婪与野心：“萧如薰已死，大明虽有格物之学，却文官众多，党争隐患未除。如今小冰河将至，粮食减产，正是我等崛起之机！”
他当即下令，暗中停止向大明出售人参、皮毛，转而囤积粮食、铁器；同时，与蒙古察哈尔部的少数反对势力勾结，秘密组建骑兵，操练战法，准备伺机而动。
消息传到赵彦耳中，他心中生疑，连忙派人侦查，却只查到努尔哈赤在囤积物资，并无明显异动。赵彦不敢大意，写下密奏，派人快马送往京师，提醒朝廷警惕建州女真的动向。
京师御书房内，朱翊镠看着赵彦的密奏，眉头紧锁。他召来崔景荣商议，崔景荣道：“努尔哈赤虽表面归附，却一直野心勃勃。如今北疆各族大多归心，唯有建州女真实力最强，需多加防备。臣建议，增派北疆驻军，加强辽东防务，同时停止向辽东出售火药、铁器，以防其作乱。”
朱翊镠沉吟片刻，道：“增兵可以，但停止通商，恐会激化矛盾。传旨赵彦，密切监视建州女真动向，一旦发现异常，即刻上报；同时，命北疆边防军，参照南洋水师之法，装备迅雷炮，加固城防，做好备战准备。”
危机的种子，已在辽东埋下。而小冰河期的影响，也逐渐显现。万历四十九年春，江南、江北多地出现春旱，麦苗长势不佳；北疆草原也遭遇旱灾，牧草枯黄，牛羊死亡率上升。各地百姓虽有储备粮食，暂无饥馑之苦，但人心已开始浮动。
萧安站在萧公旧宅的菜畦边，看着地里因干旱而略显枯黄的红薯藤，心中忧虑。他召集江南老农，商议抗旱之法，推广萧公当年的“井渠灌溉法”，组织农户开挖水井，修建小型水渠，引地下水灌溉农田。在他的努力下，江南的旱情得到缓解，红薯、水稻长势逐渐恢复。
“萧公，小冰河已至，乱世或将不远。”萧安对着萧公的牌位，轻声道，“您留下的农桑之术、格物之学，是大明最后的希望。我定当竭尽所能，传承您的遗志，守护这片土地，守护天下百姓。”
他不知道的是，一场更大的危机，正在悄然酝酿。辽东的努尔哈赤，已完成了兵力集结；小冰河期的影响，将进一步加剧粮食短缺；而大明朝堂之上，虽暂无党争，却也有官员开始贪图享乐，懈怠政务。
南洋海面上，邓勇率领水师船队，依旧在巡弋。他看着茫茫大海，心中总有一丝不安，仿佛预感到一场风暴即将来临。他下令，加强水师操练，扩大巡逻范围，密切关注西洋诸国的动向，确保南洋商路的安全。
京师格物书院内，沈敬之也察觉到了危机。他组织学子，加紧研究耐寒作物、抗旱技术，同时改良火器、战船，希望能为大明应对危机，增添一份力量。
万历四十九年夏，大明的盛世，依旧繁华。京师的市井，车水马龙；江南的田垄，稻浪翻滚；南洋的商船，络绎不绝；北疆的草原，牧歌悠扬。可在这繁华之下，寒灾、旱情、辽东的野心，如同三只潜伏的猛兽，正虎视眈眈地盯着这片土地。
朱翊镠站在皇城之巅，望着南方的天际，心中感慨万千。他知道，盛世来之不易，守住盛世更难。萧如薰的遗志，是大明的根基；格物之学的革新，是大明的利器；君臣同心、军民协力，是大明的希望。
“萧公，朕定不会辜负您的期望。”朱翊镠轻声默念，“无论未来有多少艰难险阻，朕都会带领大明，迎难而上，守护这份太平，延续这份盛世。”
风从北方吹来，带着一丝寒意。皇城的琉璃瓦，在阳光下熠熠生辉，却也映出了远处天边的一抹阴云。大明的命运，将在这场盛世与危机的交织中，迎来新的转折。而萧如薰留下的精神与智慧，也将在这场即将到来的风暴中，接受最严峻的考验。