第二步：查实证，破邪妄。
就在《规制令》颁布的同时，另一项行动在曹正淳的指挥下，更加隐秘而高效地进行着。内厂番子与各地按察司、锦衣卫协作，针对那些有“聚众”、“敛财”、“妖言”嫌疑的寺庙、道观，尤其是奏报中提及的“黄天道”、“真空教”等秘密教门，展开了深入调查和证据收集。
七月初，滁州“黄天道”教首及其核心骨干十二人，在秘密集会时被一网打尽。当场搜出大量敛财账簿、伪造的“神符”、“仙水”，以及煽动信徒对抗官府、破坏新式农具的密信。地方官府随即公开审理，并特意邀请了附近乡绅、里正及部分受蒙蔽的信徒旁观。
公堂之上，那教首起初还故作高深，口称“天道示警”。主审官不与其辩驳神佛，只命人将搜出的账簿、密信一一展示，传唤被其骗财骗色、家破人亡的苦主上堂指证。当一桩桩确凿的罪行暴露在光天化日之下，那教首的“神通”光环瞬间破碎，涕泪横流，瘫软在地。最终，教首以“妖言惑众、聚众作乱、谋财害命”数罪并论，判处斩立决，骨干分子视情节分别判处流放、徒刑。此案详情由官府撰写成通俗易懂的《破妄录》，张贴各州县，以儆效尤。
陕西“真空教”的剿灭则更加惊险。该教盘踞山村，修筑简易寨墙，拥有少量刀枪弓箭。陕西巡抚调集卫所兵，在内厂细作里应外合下，夜袭山寨，经过短暂交战，击杀负隅顽抗者数十，擒获教首以下二百余人。搜查中，不仅发现了更多的兵器、粮草，还有与关外部落往来的书信，以及几本明显受西洋影响、篡改拼接的“经卷”，其中竟有攻击大夏朝廷、鼓吹“地上神国”的内容。此案被定为谋逆，涉案者严惩，并加强了边境稽查。
第三步：以“格物”破“迷信”，公开演示。
七月十五，中元节。京城西市，搭起了一座高台。这场合，本该是僧道举行盂兰盆会、超度亡魂之时。但今日，高台上没有法师，只有徐光启、孙元化带领的百工院演示团队，以及刑部押来的几名招摇撞骗的“神棍”。
台下，人山人海，既有百姓，也有不少受邀前来观礼的僧道代表。
演示开始。首先被押上来的，是一个号称能“掌心发雷”的游方道士。徐光启命其当众表演。那道士装模作样，念念有词，手掌一翻——果然有轻微的“噼啪”声和一点闪光！台下百姓一阵低呼。
徐光启不慌不忙，让人取来那道士藏在袖中的几样东西：一小块“燧石”（特殊矿石），一些细密的“镁粉”（从西洋商人处购得，称为“魔粉”），还有浸过特殊油脂的棉线。徐光启亲自演示，将镁粉洒在石上，用棉线快速摩擦——同样的“噼啪”和闪光出现！
“此非掌心雷，不过是矿物摩擦生热发光之现象。”徐光启朗声道，“与夏日雷雨之闪电，其理虽远，其类相近，绝非神通。”他随即展示了简单的摩擦起电实验（用丝绸摩擦玻璃棒吸引纸屑），并简要解释了“静电”概念，虽然百姓未必全懂，但那道士的“神通”已被彻底揭穿，面如土色。
接着，是一个号称能“符水治病”的巫婆。徐光启当场取来她所谓的“神符”，浸入水中，清水果然慢慢变红。巫婆面露得色。孙元化却取出一包同样的“符纸”，当众展示其秘密：纸上用明矾水画过符咒，遇水显现。又取来另一种用碱水画过的符纸，浸入另一种“神水”（实为姜黄水），清水变黄。孙元化解释道：“此乃酸碱变色之理，与治病毫无干系。”随后，他请来一位太医，当众讲解几种常见疾病的真正成因（气瘴、虫蛊等初步概念）和正确疗法，并展示了经过煮沸消毒的纱布、银针等物，强调“医道重实证，不尚虚妄”。
最后，是针对西山工坊“蒸汽机吞魂”的流言。百工院将一台小型蒸汽机模型搬到台上，公开其锅炉、气缸、活塞、曲轴的结构，现场烧水演示其运转原理。“诸位请看，此机之力，源于水沸化汽，膨胀推动，与鬼神何干？夜间轰鸣，乃是阀门排气之声，犹如人深呼吸吐气。”孙元化大声道，“有人惧之、谤之，或因无知，或……是别有用心，欲阻挠朝廷富国强兵之业！”
一系列公开、直观的演示和解释，结合之前“黄天道”等案的处理结果，在京城百姓中引起了巨大反响。许多原本将信将疑、甚至恐惧新事物的人，开始有了新的认识。那些被请来观礼的僧道代表，心中更是五味杂陈。他们看到朝廷并非要灭绝宗教，而是严格划定了“宗教”与“骗术”、“正信”与“迷信”的界限。一些有识的僧道开始思考，如何在新的规束下，纯正信仰，服务社会。
第四步：引导与吸纳，化阻力为助力。
整饬并非一味打压。对于配合登记、愿意遵守新规的合法寺庙道观，朝廷也给予了出路和引导。
礼部宣布，将遴选一批“通晓文义、品行端正”的僧道，进入新成立的“宗教事务讲习所”，学习基础的律法知识、医药常识（仅限于常见伤病护理和心理疏导）、以及朝廷认可的“正信”教义阐释。结业后，他们将获得“宣教法师”或“宣道道长”资格，可以从事有限的、规范的宗教服务活动，如主持合法丧葬礼仪、在固定场所讲解劝善经文、参与官方组织的慈善赈济等。
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