同时，朝廷鼓励寺庙道观利用部分闲置房舍，开办“义塾”（教授蒙童识字、算术）或“慈济堂”（收容孤老、施粥赠药），将其社会功能引导至有益的慈善与教育领域，并对此类行为给予税收减免或小额补贴。一些位于名山大川、风景优美的寺观，还被鼓励适度开放部分区域，接待文人游客，发展“山水清修”文化，这在一定程度上也促进了地方经济。
对于外来宗教，朝廷的态度明确而坚决。礼部与鸿胪寺对在京的几名西洋传教士进行了正式“约谈”，重申了《规制令》中关于外来传教的严格限制，并要求他们签署承诺书，遵守大夏律法，不得逾越。同时，也允许他们在指定的“番寺”内，继续为外国商民提供宗教服务，并可以有限度地翻译、研究其宗教经典（需经审查），作为一种“学问”存在。这堵死了他们公开传教的道路，但也给了他们一个体面的、受监控的存在空间。
然而，改革从无坦途，反弹与暗流旋即涌现。
首先跳出来公开反对的，是江西龙虎山张天师府。张氏世代承袭“正一真人”号，统领天下道教事务（至少名义上），享有大量特权田产。《规制令》中清理田产、限定规模、规范活动等条款，严重触动了其根本利益。当代张天师张显庸，联合了几家同样利益受损的大道观，上书朝廷，措辞激烈，称《规制令》“违背祖宗成法，摧残道脉，恐伤陛下仁德，失天下道众之心”，请求收回成命，至少对“千年祖庭”、“敕封真人”予以特免。
佛教方面，虽然没有如此激烈的公开对抗，但暗中抵触情绪不小。江南不少寺院，田产连阡陌，僧众如云，香火鼎盛，实为地方一霸。如今要清田限人，无异割肉。许多寺院开始暗中转移田产（假称出售或赠与信徒），隐匿僧众（让部分僧人以“居士”或“帮工”名义存在），或鼓动虔诚的信徒香客，以“护法”名义向地方官府请愿施压。
民间更是暗流汹涌。那些被断了财路、甚至面临法办的巫婆神棍、秘密教门余孽，不敢明面反抗，却转入地下，散播更加恶毒的流言：“朝廷禁绝神佛，是受了‘格物妖人’（影射陆沉、徐光启等）蛊惑，要断绝人间与上天联系，迟早遭天谴！”“蒸汽机吞魂是假，但吸的是‘国运龙气’，用久了，国祚必衰！”这些流言在底层无知百姓和部分对新政不满的旧势力中悄然传播，虽暂未酿成大乱，却如毒雾弥漫，侵蚀着人心。
最令萧云凰警惕的，是来自宫内的些许异常。有内厂眼线报告，个别出身南方佛道兴盛地区、与某些大寺庙有香火渊源的低级妃嫔、太监，在私下交谈中，对《规制令》流露出不安和微词，虽未敢妄议朝政，但这种情绪在宫闱中蔓延，本身就是一个危险信号。
七月底，文华阁偏殿，一场小范围的密议正在进行。
萧云凰、陆沉、沈文渊、曹正淳在座。气氛有些凝重。
“张天师府那边，态度强硬，江南僧寺，阳奉阴违。民间谣言，愈演愈烈。”沈文渊眉头紧锁，“改革触及根本利益，反弹在意料之中，但比预想的更剧烈。是否……暂缓一步，或稍作让步，以安抚人心？”
曹正淳尖声道：“沈阁老，此时让步，前功尽弃！那些蠹虫只会得寸进尺！依奴婢看，张显庸倚老卖老，竟敢上书指责朝政，已是大不敬！当严旨申饬，若再执迷，不妨夺其‘真人’封号，另选贤明道士统领道教事务！至于江南那些和尚，内厂已掌握不少他们隐匿田产、不法交易的证据，正好借此东风，抓几个典型，狠狠整治！”
陆沉咳嗽几声，缓缓道：“沈阁老顾虑维稳，曹公公主张强硬，皆有道理。此事，堵不如疏，压不如导。张天师府是面旗帜，不能简单粗暴打倒，否则易引天下道众离心。江南僧寺盘根错节，强力清剿，易生民变。”
他看向萧云凰：“陛下，宗教问题，本质是人心和利益问题。我们整顿的目的，是消除愚昧迷信对国策的阻碍，将宗教力量纳入可控、有益的轨道，而非消灭宗教本身。因此，策略上需刚柔并济，区别对待。”
“哦？具体如何？”萧云凰问。
“对张天师府，”陆沉道，“可派一重臣（如沈阁老）亲往龙虎山‘宣慰’，承认其道教领袖地位，但明确告知，《规制令》乃国策，关乎社稷，任何人、任何教派不得例外。不过，可以给予一些‘补偿’或‘转型出路’：比如，允许张天师府牵头，编纂一部朝廷认可的《道教正典》，统一教义解释；支持其在龙虎山开办更高层级的‘道教学院’，培养符合新规的道士，朝廷可给予名誉和少量经费支持；甚至，可以邀请张天师或其代表，参与未来某些涉及民俗、礼仪的朝廷典制修订。简言之，给予新的、更体面的‘政治地位’和‘文化角色’，换取其对清理田产等实质利益的让步。”
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