长安女子医学署成立后，在李蕴歌的建议下，孟医官在医学署设立识药科、四诊科、心理关怀科等三门学科。
三门学科并行四年，第一年通识，第二年分方向选修，第三年实践，第四年跟师出诊。每年两次考核，考不过的留级，留级两次仍不合格者劝退。
三门学科，各有分工。
识药科的教习是孟医官举荐的太医院女医，姓方，四十出头，掌管太医院药材库，眼神毒辣，任何伪品、劣品都逃不过她的眼睛。
所有学生须在两年内，辨识常用药材三百味以上，不仅要知晓药材名称和长相，还要知道性味归经、功效主治、配伍禁忌、炮制方法。
望闻问切四诊科由李蕴歌与付二娘共同执教，付二娘主讲望诊、问诊，李蕴歌主讲闻诊、切诊。两人轮流上堂，一人讲理论，一人带实践，两相配合。
最特别的是心理关怀科。这门课是李蕴歌力主增设的，孟医官不仅全力支持，还帮着搜罗了不少前朝医案中关于“情志致病”的记载，供李蕴歌编入教材。
这门课不管是教习还是学生，都要学习。
开学典礼那日，孟医官站在台上，目光扫过台下那些年轻的面孔，掷地有声道：“学医从医，从来都容不得半分儿戏。你们今日踏入医门求学，须得沉下心来，刻苦钻研、踏实精进。
长安女子医学署由皇后娘娘牵头创办，诸位入了此门，日后学成而出，悬壶于世，当知病患以性命相托。
若我辈医术未精、所学不深，辜负的岂止是师长殷殷教诲？更是病患那千万份毫无保留的信任，还有自身四年的珍贵青春年华，以及皇后娘娘与天下女子的万千期盼。”
此话一出，台下鸦雀无声，所有学生都端端正正地坐着，不知是谁起了头，安静的厅堂内瞬间掌声雷动。
孟医官训话结束，由学生代表晋阳公主上台致辞。
晋阳公主今日穿着与其他学生一样的月白色公服，一改往日活泼模样，认真道：“我虽是公主，但入了此门，我和大家一样，都是长安女子医学署的学生。在这里，我希望所有的同门，暂时忘记自己原本的身份，须知学医是为了救人，不是为了名声。愿我们所有人，都不辜负‘济世’二字。”
她话音落下，台下响起了热烈的掌声，来自民间的生员，认为晋阳公主虽为公主之尊，却没有公主的骄横与傲慢，不由得对她生出了好感。
但这番话落在那些世家大族、朝臣千金耳里，便是庄皇后借晋阳公主之口告诫她们，在医学署学医期间，要安分守己，不得胡闹。
如此一来，长安女子医药署在开学后，并未发生学生不和的现象。
开学典礼结束后的第一堂课，是方教习的识药课。
方教习是个不言苟笑的性子，在课上从不与学生闲聊，十分严肃。每节课教学生们辨认十种药材，辨认完成后，让学生们按照标本将药材临摹下来，并标记名称、习性、生长之地以及药效等信息。
下一堂课进行随堂考，答不上来的，就站着听讲。若一直达不到方教习要求，下去后每味药材都誊抄十遍，直到记住为准。
与方教习的严厉相比，付二娘授课时就要风趣得多，她会把自己遇到的例子讲给大家听，然后趁着学生们听得认真的时候，再不经意地向她们提问。
教望诊时，她让学生们两两一组，互相观察，写下对方面色、舌苔、目色、唇色等所有能观察到的信息，然后逐一评点。
有人把正常人写成了病容，有人把病容忽略了，付二娘不厌其烦地一一纠正，同一个知识点翻来覆去地讲，讲到每个学生都能准确判断才肯罢休。
轮到李蕴歌时，她比付二娘严格，却又比方教习温和。
她让学生们分组在彼此手腕上练习摸脉，每天摸脉不少于五十人次，每人的脉案须详细记录，次日逐一点评。
有学生叫苦，她便直接对其说：“若受不了苦，趁早退学，给后来之人让路。”那人听了，再也不敢叫苦了。
心理关怀科没有现成教材，李蕴歌便把自己的医案和孟医官找来的案例翻出来，一页一页地挑出那些最典型的，讲给学生听。
她告诉学生：治病先治心，心结解不开，百药亦难效。
她让学生围坐成一圈，自己坐在中间，像讲故事一样，把问诊时，病患可能出现的委屈、恐惧、以及担忧等情绪例举出来，然后让学生们站在大夫的角度去开导病患。
起初，学生们怕说错不敢开口，来自益州的杜晓婉率先站了起来，用温柔的语气、温和的态度以及循循善诱的方式，打开了扮演病患的晋阳公主的心扉。
有了她的示例，其余人也都开始尝试，一节课下来，好像人人都变成了心理大夫。
除了在医药署学习理论知识，李蕴歌还把杏林堂作为医学署的实习地，每个月挑选名列前茅的学生去杏林堂观诊。这个机会很难得，大家都铆足了劲争取。
自从长安女子医学署创办后，李蕴歌一心扑在医学署的教学上，每日不是泡在课堂里，就是带着学生在杏林堂实习，忙得脚不沾地。
这一日傍晚，她刚回到侯府，河东来人了，裴东柳派人快马加鞭送了封信过来。收信人写的是李蕴歌。
李蕴歌接过信，拆开信快速浏览了一遍，看着看着眉头蹙了起来。
裴东柳在信中告知，沈娘子怀孕了。这本是喜事，裴东柳四十好几，膝下只有裴玉一个儿子，如今新妇有孕，该当高兴才是。
可信上说，沈娘子自怀孕以来，孕相一直不好，头三个月吐得昏天黑地，吃什么吐什么，人瘦得只剩一把骨头。如今到了第四个月，呕吐虽缓解了些，却又添了新的症候，小腹时常坠痛，腰酸得直不起来，偶尔还见红。河东的大夫都说沈娘子体弱，这胎恐保不住。
裴东柳不信那些大夫的话，想起自家儿媳乃妇科圣手，便来信请她去河东为沈娘子看诊。